Теория возникновения и развития гнёздной алопеции базируется на определённых знаниях в области иммуногенетики. Чтобы понять, почему повреждаются волосы, надо разобраться в антигенном распознавании клеток, т.е. взаимодействии клеток иммунной системы с клетками корневой системы волос.
   Исторические факты свидетельствуют о массовом заражении и гибели миллионов людей во время эпидемий чумы, оспы и холеры. Но, несмотря на постоянный контакт с инфекцией, у части населения заболевание не развивалось. В наши дни эпидемии гриппа не носят тотального характера. Меньшая часть людей остаётся здоровой, так как взаимоотношения организма и возбудителя протекают в стёртой форме. Эти наблюдения дали основание говорить о наличии феномена резистентности или предрасположенности к развитию заболевания. Подобные явления контролируются иммунной системой, управляемой определёнными генами. В эксперименте было доказано, что у конкретного человека нет и не может быть никакой «общей» иммунологической реактивности, т. к. иммунный ответ на любое антигенное воздействие является строго специфичным и протекает независимо от интенсивности иммунного ответа на другой антиген (Коненков В.И. 1999г.) Данное высказывание является верным. Но в сложных процессах иммунного регулирования необходимо учитывать истощаемость иммунохимических и цитоэнергетических механизмов. Поэтому иммунный ответ не может быть постоянен. Он зависит от начального статуса, комплекса антигенных вариаций и временного периода реакции. Одним из наиболее ярких открытий в иммунологии ХХ века является установление феномена «генетики иммунного ответа», что нашло своё отражение в работах нобелевских лауреатов в области иммуногенетики.
   Иммуногенетическая теория гнёздной алопеции подразумевает наследственную предрасположенность данного заболевания. В подавляющем большинстве случаев появление первых очагов облысения не носит врождённый характер, а наблюдается спустя годы после рождения. Крайне редко встречаются пациенты, у которых отмечались признаки гнёздной алопеции в неонатальном периоде (первые 28 дней жизни, ). Чаще всего первичный диагноз ставился пациентам не старше 30 лет. На основании существующих публикаций и собственных исследований в 1999 г. был сделан вывод, что наследственная предрасположенность гнёздной алопеции связана с генами 6-й хромосомы.
   У всех ядерных клеток организма в шестой хромосоме есть особенный участок ДНК, в котором заложены гены (определенный порядок нуклеотидов), руководящие синтезом молекул гликопротеинов. Эти молекулы экспрессируются (выводятся) на поверхность клеток и называются антигенами гистосовместимости, а участок ДНК - главным комплексом гистосовместимости (МНС). У человека он обозначается HLA – human lymphocyte antigens. Есть утверждение, что носители антигена HLA - В8 склонны к аутоиммунным заболеваниям, таким как красная волчанка, дерматомиозит, герпетиформный дерматит Дюринга, а также к дерматозам вирусного происхождения. У больных с псориазом – HLA - B13, B17, B27, DR7; с экземой HLA - A1, B8, B12, B22, CW4, а с нейродермитом установлена положительная ассоциация с антигенами HLA - A9, B12, DR4. Около 60% больных ревматоидным артритом являются носителями HLA - B15, DR4, DW4. У больных с гнёздной алопецией выявлены антигены, которые имеют частоту встречаемости, ассоциированную с аутоиммунными заболеваниями: HLA
- A9, B8, B12, B13, B18, B27, DR7, CW1, CW3, причём у больных с универсальной стадией не увеличивалась частота выявления B12, а антиген A11, наоборот, реже встречался у больных с алопецией. (Е.В. Авербах, Л.Е. Поспелов).
   В норме экспрессия HLA генов обеспечивает узнавание родственных клеток при контакте с другими родственными клетками, имеющими аналогичные рецепторы (маркеры). Если клетка определяется как «своя», то реакции иммунного ответа не происходит. Метод определения «свой – чужой» основывается на сравнении своих маркеров с маркерами инородной или мутированной клетки. Антигены (белковые молекулы) могут поступать в организм в составе трансплантата, бактерий или вирусов. Если таковые нарушили целостность организма и попали в кожу, то в дело вступают клетки Лангерганса - «кожные макрофаги», которые фагоцитируют чужеродного агента и переваривают его (процессинг антигена). Такой процессированный антиген экспрессируется на поверхности макрофага в комплексе с собственным антигеном (HLA) главного комплекса гистосовместимости. Иными словами, клетка Лангерганса, имея на своей поверхности следы чужеродного агента, становится узнаваемой для лимфоцита Т-хелпера. Хелперы приходят в состояние возбуждения и стимулируют клетки иммунной защиты (Т-, В-лимфоциты) к пролиферации и дифференцировке, в результате чего иммунный ответ идет по строго определенному (специфичному) развитию.
   Другой путь клеточного иммунитета реализуется через натуральные киллеры. Киллеры – это цитолитические лимфоциты, имеющие в своей цитоплазме гранулы с перфорином (оружие). Основными являются Т-киллеры и NK-киллеры. Киллеры распознают определенные структуры высокомолекулярных гликопротеинов, которые экспрессированы на мембранах. Натуральные киллеры не специфичны по отношению к определенному антигену. Для проявления их активности не требуется предварительной иммунной подготовки, они являются первым барьером на пути вирусных инфекций, трансплантата и собственных клеток с атипичными антигенами на поверхности. Атипичные рецепторы находятся на чужих клетках трансплантированного органа или на своих клетках с мутированными генами. Благодаря этому, киллеры отличают такие клетки от нормальных, лизируют их мембраны перфорином, приводя к гибели. Цель такого убийства – сохранение постоянства белкового состава макроорганизма. За это отвечают гены гистосовместимости, находящиеся на коротком плече 6-й хромосомы. Чрезмерная активация клеточного иммунитета может приводить к повреждению условно нормальных клеток различных тканей и органов, характеризуя аутоиммунную патологию. Т-киллеры более инертны в своей активности, реализация их цитолитического действия идёт по специфическому пути с некоторым опозданием. Они участвуют в формировании иммунологической памяти и являются главными эффекторами при многолетней алопеции. Проведённые нами исследования дают основание полагать, что перфориновый путь в антителозависимой пролиферации относится к основным механизмам развития гнёздной алопеции.
   Еще один механизм смерти клетки-мишени может быть осуществлен через Fas-рецептор на её поверхности. Активация этого рецептора киллером приводит к включению механизма программированной клеточной гибели (апоптоз). Этот механизм с участием цитолитических лимфоцитов считается альтернативным.